A Aliança Terrestre, a República Centauri e a Federação Minbari integram o grupo dos cinco principais poderes da galáxia, junto ao Regime Narn, que, após cem anos sendo colônia dos Centauri, acabaram de conquistar a independência, ainda nutrindo muito ressentimento por seus colonizadores; e os Vorlons, que mantêm tudo relativo a seu planeta e sua cultura em segredo - nenhuma nave que já entrou no território Vorlon retornou pra contar o que encontrou lá, e, sob o pretexto de que precisam de condições especiais de sobrevivência, todos os Vorlons usam trajes atmosféricos especiais, sem que ninguém jamais tenha visto sua aparência verdadeira. Muitos outros povos também têm destaque na série, como os Drazi, de pele dura e costumes mais duros ainda, originários de um mundo desértico e inclemente; os Gaim, que também precisam de um traje especial para sobreviver fora de sua própria atmosfera e de um dispositivo próprio para se comunicarem; os Brakiri, principais comerciantes da galáxia; e os Pak'ma'ra, que costumam ser ignorados pelos outros povos porque comem carniça e não cheiram bem; coletivamente, esses povos são conhecidos como a Liga dos Mundos Não-Alinhados, uma organização interplanetária criada por eles mesmos para tentar negociar em pé de igualdade com os grupos mais poderosos.
A maior parte da história se passa na estação espacial que dá nome à série, a quinta tentativa da Aliança Terrestre de construir uma - as Babylon 1, 2 e 3 foram destruídas durante sua construção, enquanto a Babylon 4 desapareceu misteriosamente pouco após ser concluída. A construção das estações espaciais Babylon tinha como objetivo promover a paz e a integração entre a Aliança Terrestre e os quatro outros poderes principais da galáxia, cada um contando com a presença de um Embaixador na Babylon 5 - um dos principais eventos do primeiro episódio, inclusive, é a chegada de um embaixador Vorlon, o que, dado a reclusão e o segredo com que vivem, é um gigantesco acontecimento. A Babylon 5 é um cilindro de 8 km de comprimento, estacionado próximo à órbita de um planeta supostamente deserto e a um dos principais portais da galáxia, e possui alojamentos, laboratórios, um centro médico e uma praça de lazer com mercados e restaurantes; apesar de ser comandada por militares da Aliança Terrestre, a estação é considerada um porto neutro, onde negociações entre diferentes povos podem ocorrer sem a interferência de seus governos.
Outro detalhe importantíssimo, que deve ser mencionado, é que, no universo de Babylon 5 existem telepatas. Ao longo da série, os principais povos a usar telepatas são a Terra, os Minbari e os Centauri, mas fica subentendido que outros também os têm - exceto os Narn, sendo dito com todas as letras que eles tiveram telepatas no passado, mas, na época da série, não existe nenhum telepata Narn. Na Terra, os telepatas são identificados e treinados pela Psi Corps (traduzida para Academia), que identifica e apreende todas as crianças nascidas com dons telepáticos, que possuem, então, três opções: ser treinado e trabalhar para a Psi Corps, ser encarcerado pelo resto da vida, ou tomar, também pelo resto da vida, drogas que suprimem seus dons telepáticos. Telepatas treinados pela Psi Corps são classificados de P1 a P12, de acordo com a força de seus poderes telepáticos, e os mais poderosos costumam se tornar "policiais", cuja principal função é caçar telepatas renegados. O conflito entre telepatas e a Psi Corps, o medo que causam nas pessoas comuns e o preconceito que sofrem é um dos principais enredos da série.
Babylon 5 é uma criação de J. Michael Straczynski, que começou sua carreira como dramaturgo, escrevendo peças de teatro, foi âncora de rádio, e começou no mundo da televisão escrevendo roteiros para desenhos animados da Filmation, como He-Man, She-Ra e Os Caça-Fantasmas, passando depois para séries de gosto duvidoso como Capitão Power e os Soldados do Futuro e Jake and the Fatman, até ser convidado para escrever episódios de Assassinato por Escrito, uma série de grande sucesso da TV norte-americana. Na opinião de Straczynski, muitas das séries de ficção científica da televisão dos Estados Unidos não davam certo, e acabavam canceladas após poucas temporadas, porque seus responsáveis não conseguiam fazer planejamento de longo prazo, e acabavam sempre ou estourando o orçamento, ou chegando a um ponto onde não conseguiam mais manter o interesse do público pelas histórias. Straczynski havia reparado que as séries de maior sucesso na TV norte-americana nos anos 1980 eram centradas em locais fixos, como um hospital, delegacia de polícia ou tribunal, e planejava fazer uma série de viagem espacial na qual, ao invés de a tripulação visitar um planeta diferente a cada semana, exigindo a criação de novos cenários, ficasse confinada a uma estação espacial, com as histórias vindo até ela. Além disso, sendo fã de sagas como Fundação e Duna, ele não entendia por que todas as séries de ficção científica até então eram episódicas, com uma história diferente a cada capítulo, ao invés de ter um único arco durante o qual ocorriam diferentes situações, como era comum em séries de drama. Para completar, ele não concordava que toda série futurista tinha de ser utópica e ter elementos como uma criança sabichona ou um robô fofinho, e planejava ambientar a sua em um futuro onde ainda houvesse crime, ganância e intriga política, com apenas a tecnologia sendo mais avançada.
Em 1989, após o cancelamento de Capitão Power e os Soldados do Futuro, Straczynski procuraria os produtores John Copeland e Doug Netter, e mostraria um esboço do roteiro do primeiro episódio e um documento que ele chamaria de "a bíblia de Babylon 5", com detalhes sobre todos os personagens, povos e elementos históricos da série. Os dois ficariam impressionados e começariam a oferecer a série para várias produtoras, até que, em 1991, conseguiriam que a Warner Bros. encomendasse um piloto, que seria posteriormente negociado com as emissoras de TV. Os executivos da Warner ficaram menos impressionados, porém, e, mesmo após dar a luz verde para o piloto, apostavam que nenhuma emissora iria querer exibir a série, pois acreditavam que o público não teria interesse em acompanhar uma saga dividida em vários capítulos ambientada num futuro de ficção científica, e que seria difícil para ela vender a série para syndication, ou seja, para vários outros pequenos canais regionais, após ela ser encerrada; além disso, havia uma espécie de "maldição da ficção científica", com a única série desse estilo que conseguiu passar da terceira temporada na época sendo Jornada nas Estrelas: A Nova Geração.
Por causa desses medos, ao invés de negociar o piloto com a NBC, CBS ou ABC, os três principais canais de TV aberta dos Estados Unidos, a Warner decidiria exibi-lo no PTEN, canal a cabo de sua propriedade. Com uma hora e meia de duração, o piloto estrearia em 22 de fevereiro de 1993 e seria um grande sucesso de audiência, além ganhar um Emmy de Melhores Efeitos Especiais. O elenco conta com o Comandante Jeffrey Sinclair (Michael O'Hare), "capitão" da Babylon 5; sua imediato, Tenente-Comandante Laurel Takashima (Tamlyn Tomita); Michael Garibaldi (Jerry Doyle), o chefe de segurança da estação; Delenn (Mira Furlan), a embaixadora Minbari; o Dr. Benjamin Kyle (Johnny Sekka), médico-chefe da estação; a telepata Lyta Alexander (Patricia Tallman); o Tenente Guerra (Ed Wasser), responsável pelo Centro de Controle da estação; Blaire Baron (Carolyn Sykes), interesse amoroso de Sinclair; o comerciante Del Varner (John Fleck); Londo Mollari (Peter Jurasik), o embaixador Centauri; e G'Kar (Andreas Katsulas), o embaixador Narn. O enredo envolve a chegada do embaixador Vorlon, Kosh Naranek ("interpretado" por Jeffery Willerth, que vestia a roupa espacial, com voz de Ardwight Chamberlain), que sofre uma tentativa de assassinato, da qual Sinclair é o maior suspeito, e traz uma subtrama na qual fica subentendido que Sinclair possui um papel profético nas relações entre a Terra e Minbar.
Diante do grande sucesso do piloto, a Warner se veria convencida do potencial da série, e encomendaria uma temporada de 22 episódios, que seria exibida simultaneamente no PTEN e em syndication nos Estados Unidos e pelo Channel 4 no Reino Unido. Muitas mudanças seriam feitas entre o piloto e a primeira temporada, entretanto, algumas a pedido dos executivos da Warner, outras atendendo a sugestões do público, e algumas poucas por decisão do próprio Straczynski. Pra começar, no piloto Lyta descobre a verdadeira aparência dos Vorlons, algo que Straczynski queria que fosse um segredo supremo, então ele decidiria removê-la da série por enquanto, para não ter que lidar com essa questão tão cedo, substituindo a personagem por outra telepata. Os executivos da Warner também gostariam que médico-chefe fosse mais jovem, então, como o Dr. Kyle também teve contato pessoal com Kosh, e imaginando que um médico mais jovem realmente traria mais oportunidades de histórias, Straczynski também decidiria substituí-lo. Wasser e Sykes não agradariam, e, para a série, seriam substituídos por outros personagens. Straczynski queria manter Takashima, mas ela não agradou nem aos executivos da Warner, nem ao público, principalmente pelo tom de voz de Tomita, considerado "inaudível" em alguns diálogos, o que levaria a atriz a ter todas as suas falas redubladas por ela mesma para as reprises; diante da pressão, a imediato também seria substituída. Falando em voz, no planejamento original de Straczysnki, Delenn seria um homem que, no decorrer da série, se transformaria em mulher, então a maquiagem de Furlan seria muito mais pesada no piloto, e sua voz seria modulada; o resultado não agradaria, e Straczynski mudaria a história para que ela fosse sempre mulher, mas se tornasse um híbrido de humano e Minbari. Para a série, Delenn, Londo e G'Kar ganhariam maquiagens e próteses mais leves, que exigiam menos horas de preparação dos atores e tinham resultados mais realísticos. Mas a mudança mais curiosa seria que o "setor alienígena" da estação, os alojamentos dos povos que precisam de condições atmosféricas diferentes das da Terra para sobreviver, foi considerado pelo público como "muito semelhante a um zoológico", e totalmente reformulado para a série.
Devido a atrasos na produção, causados principalmente pela troca de atores, a primeira temporada estrearia somente quase um ano após o piloto, em 26 de janeiro de 1994 - Straczysnki aproveitaria e também adiantaria a história em um ano, com a primeira temporada começando em 2258. A primeira temporada lida principalmente com a participação de Sinclair na guerra entre a Terra e Minbar, o papel profético ao qual o Comandante está destinado, a tensão entre os Centauri e os Narn, que faz de Londo e G'Kar inimigos jurados, a busca dos Centauri por retomar sua antiga glória, o que leva Londo a fazer alianças perigosas, e o início de uma revolta na Terra contra imigrantes alienígenas. Assim como o piloto, a primeira temporada seria um grande sucesso de público, e ganharia um Emmy de Melhor Cabeleireiro para uma Série.
Do piloto, retornariam para o elenco principal Sinclair, Garibaldi, Delenn, Londo e G'Kar; a eles se uniriam a Tenente-Comandante Susan Ivanova (Claudia Christian), nova imediato de Sinclair, russa de nascimento, forte, decidida e extremamente desconfiada de telepatas; o Dr. Stephen Franklin (Richard Biggs), novo médico-chefe da estação, filho de um militar que se ressente por ele não ter seguido a carreira; Talia Winters (Andrea Thompson), a nova telepata residente da estação; Vir Cotto (Stephen Furst), assistente de Londo; Lennier (Bill Mumy, o Will Robinson de Perdidos no Espaço), assistente de Delenn; e Na'Toth (Caitlin Brown), assistente de G'Kar. Kosh também estava na primeira temporada, sendo considerado um personagem recorrente, e, assim como no piloto, com somente Chamberlain sendo creditado.
O personagem recorrente de maior destaque é Alfred Bester, batizado em homenagem ao autor de ficção científica de mesmo nome, em cujas obras a estrutura e funcionamento da Psi Corps foi baseada. Interpretado por Walter Koenig, o Chekov de Jornada nas Estrelas, Bester era um P-12 frequentemente enviado à Babylon 5 para capturar telepatas fugitivos ou cuidar de outros assuntos de interesse da Psi Corps, que logo ganharia a animosidade de Sinclair, Ivanova, Garibaldi e Franklin. Outros personagens recorrentes que valem ser mencionados são o Tenente David Corwin (Joshua Cox), substituto de Guerra no Centro de Controle; Catherine Sakai (Julia Nickson-Soul), comerciante que é o novo interesse amoroso de Sinclair; Draal (Louis Turenne), antigo professor de Delenn em Minbar; Zathras (Tim Choate), alienígena de um povo desconhecido que vive no planeta próximo à Babylon 5; Lou Welch (David L. Crowley), homem de confiança de Garibaldi na equipe de segurança da estação; Lise Hampton (Denise Gentile), antiga namorada de Garibaldi; e o misterioso Sr. Morden (Ed Wasser, que recebeu uma segunda chance), que promete a Londo conseguir restaurar Centauri à sua antiga glória - por um preço.
A série seria renovada para uma segunda temporada, mas a pré-produção já começaria com um problema: a saída de O'Hare. Oficialmente, Straczynski diria que foi uma decisão criativa, pois, já tendo Sinclair um passado em comum com os Minbari, não faria sentido ele ter também uma ligação com as Sombras, os antagonistas da segunda temporada, algo que era previsto para o comandante da Babylon 5 em seu planejamento original da história da série. O próprio O'Hare, porém, declararia em entrevistas estar sofrendo de depressão e "problemas de saúde mental", e ter pedido a Straczynski para sair, e muitos de seus colegas de elenco diriam que ele realmente parecia distante e pouco concentrado, chegando a se preocupar que ele estivesse usando drogas. De fato, não parece muito lógico que Straczynski tivesse feito um planejamento detalhado da série para depois concluir que as duas coisas que tinha planejado para seu protagonista não combinavam.
Seja como for, Sinclair seria nomeado embaixador da Terra em Minbar e substituído pelo Capitão John Sheridan (Bruce Boxleitner), herói da guerra contra os Minbari, responsável por destruir sua nau-capitânia, cuja nomeação estremeceu as relações entre a Terra e Minbar. Sheridan possui uma ligação com o retorno das Sombras, povo alienígena que é o principal antagonista da segunda temporada, envolvendo a galáxia em uma nova guerra; paralelamente a isso, o governo da Terra caminha a passos largos para se tornar uma ditadura, e os Centauri decidem reconquistar Narn. Com mais 22 episódios, estreando em 2 de novembro de 1994, e com sua história começando no ano de 2259, a segunda temporada seria um sucesso ainda maior que a primeira, ganhando um prêmio Hugo, o mais importante da ficção científica, e sendo indicada a três Emmys, de Melhor Maquiagem para uma Série, Melhor Cabeleireiro para uma Série e Melhor Fotografia para uma Série.
Todo o elenco principal retornaria, com exceção de O'Hare e Brown; como a maquiagem Narn era bastante pesada, os produtores decidiriam manter a personagem Na'Toth, trocando apenas a atriz, que passaria a ser Mary Kay Adams. Além de Sheridan, seria um novo personagem do elenco principal Warren Keffer (Robert Rusler), o comandate dos Starfuries, os caças de combate da Babylon 5. Lyta retornaria como um personagem recorrente, como assistente de Kosh. Além desses dois, Bester, Corwin, Draal (a partir da segunda temporada interpretado por John Schuck), Zathras, Welch e Morden retornariam como personagens recorrentes, a eles se unindo Zack Allan (Jeff Conaway), membro da equipe de segurança sob o comando de Garibaldi; Lorde Refa (William Forward), que conspira junto a Londo para dominar Narn; o Regente Virini (Damian London), membro do governo Centauri e amigo de Londo; o presidente da Terra, William Morgan Clark (Gary McGurk); e Neroon (John Vickery), rival de Delenn no governo Minbari.
Ambientada no ano de 2260, a terceira temporada teria mais 22 episódios, e estrearia em 6 de novembro de 1995. Ela expandiria a Guerra das Sombras, com o envolvimento dos Vorlons. O governo da Terra cada vez mais autoritário, e ataca sua própria colônia em Marte, que está lutando por sua independência; com isso, Sheridan decide cortar todos os laços da Babylon 5 com a Aliança Terrestre, declarando-a território neutro e dando asilo aos Narn, o que leva o Presidente Clarke a decretar um embargo contra a estação e os Centauri a ameaçar atacá-la. A terceira temporada ganharia mais um Hugo, e seria indicada a mais um Emmy de Melhor Fotografia em uma Série.
O elenco principal conta com Sheridan, Ivanova, Garibaldi, Delenn, Franklin, Vir, Lennier, Londo e G'Kar; Zack é promovido ao elenco principal, que também conta com um novo personagem, Marcus Cole, membro dos Rangers, uma força de elite especial composta por humanos e Minbari criada por Sinclair para agir infiltrada na Guerra das Sombras. Sinclair, aliás, faz uma participação especial, para fechar algumas pontas soltas lá da primeira temporada. Os personagens recorrentes que retornam são Bester, Lyta, Kosh, Corwin, Draal, Zathras, Morden, Refa, Virini, Clark e Neroon; os novos incluem Ta'Lon (Marshall Teague), espadachim Narn amigo de Sheridan e G'Kar; o Irmão Theo (Louis Turenne, em seu segundo papel), líder de um grupo de monges que decide viver na Babylon 5; e Anna Sheridan (Melissa Gilbert), esposa de Sheridan dada como morta anos atrás.
A quarta temporada avançaria mais um ano, sendo ambientada em 2261, e teria mais 22 episódios, o primeiro estreando em 4 de novembro de 1996. Em uma reviravolta surpreendente, Straczynski acabou com a Guerra das Sombras na metade da temporada; sem precisar alocar recursos nessa frente, Sheridan decide usar o poderio militar da Babylon 5 e seus aliados para forçar Clark a renunciar ao governo da Terra e ajudar a independência de Marte. Londo também decide ajudar G'Kar a libertar Narn do domínio Centauri, e Garibaldi renuncia a seu posto para se mudar para Marte e trabalhar na empresa do novo marido de Lise, com Zack sendo promovido a chefe de segurança. Ao final da temporada, Sheridan deixa de ser o capitão da Babylon 5 para ser o presidente da recém-criada Aliança Interestelar, que reúne Minbar, Centauri, Narn e a maioria dos planetas da Liga dos Mundos Não-Alinhados.
O elenco principal é o maior de todas as temporadas, contando com Sheridan, Ivanova, Garibaldi, Delenn, Franklin, Lyta, Zack, Marcus, Vir, Lennier, Londo e G'Kar. Os personagens recorrentes incluem Bester, Corwin, Morden, Virini, Clark, Neroon, Ta'Lon, Lise, e mais Lorien (Wayne Alexander), alienígena de um dos povos mais antigos do universo, que se torna aliado de Sheridan; Tessa Holloran (Marjorie Monaghan), a líder da Resistência em Marte; William Edgars (Efrem Zimbalist, Jr.), rico industrial e novo marido de Lise; e o Imperador Cartagia de Centauri (Wortham Krimmer), mimado, caprichoso e dado a arroubos de violência. A quarta temporada seria indicada a um Emmy de Melhor Maquiagem para uma Série.
A quinta temporada seria salva quando o canal a cabo TNT, sem saber que o PTEN sairia do ar, entrou em contato com a Warner para negociar a produção de dois filmes para a TV ambientados no universo de Babylon 5. Os dois filmes realmente seriam produzidos, usando várias cenas gravadas para a quarta temporada mas não utilizadas, combinadas com novas cenas gravadas especialmente para eles, mas Straczynski conseguiria convencer a TNT a comprar também a quinta temporada, que teria mais 22 episódios, seria ambientada no ano de 2262, e estrearia em 21 de janeiro de 1998. Devido a problemas com a grade da TNT, os episódios da quinta temporada acabariam espalhados ao longo do ano, com o último da série, aquele originalmente gravado para ser o último da quarta temporada, sendo exibido apenas em 25 de novembro de 1998 - isso também faria com que vários episódios estreassem no Channel 4 antes da na TNT, com os britânicos os assistindo antes dos norte-americanos.
O primeiro dos dois filmes do contrato com a TNT, chamado Babylon 5: In The Beginning, seria exibido em 4 de janeiro de 1998, aproximadamente duas semanas antes da estreia da quinta temporada. O filme, que seria indicado a um Emmy de Melhor Maquiagem para uma Minissérie ou Filme para a TV e ganharia um Prêmio Nebula, um dos mais importantes da ficção científica, é quase todo ambientado durante a guerra entre a Terra e Minbar, que ocorreu dez anos antes do piloto da série, exceto por algumas cenas ambientadas em 2278, que mostram Londo contando a história para duas crianças Centauri, e traz novos elementos importantes envolvendo Sinclair, Sheridan, Delenn, Franklin e G'Kar.
O segundo filme, Babylon 5: Thirdspace, iria ao ao em 19 de julho, entre os episódios 17 e 18 da quinta temporada, e traria como antagonistas um povo alienígena ancestral que planeja usar tecnologia Vorlon para destruir toda a galáxia; o elenco é o mesmo da quarta temporada com a adição de alguns personagens específicos do filme, o de maior destaque sendo a Dra. Elizabeth Trent (Shari Belafonte), arqueóloga que estuda o artefato cobiçado pelos antagonistas.
Os dois principais arcos da quinta temporada são um conflito entre a Psi Corps e um grupo de telepatas fugitivos que pede asilo político na Babylon 5 e uma série de ataques feitos contra os membros da Aliança Interestelar por um oponente misterioso; paralelamente a isso, Londo se prepara para ser coroado como o novo Imperador de Centauri, Sheridan e Delenn decidem ir morar em Minbar, Garibaldi reavalia sua vida e G'Kar passa a ser visto pelos Narn como uma espécie de profeta. O elenco principal conta com Sheridan, Garibaldi, Delenn, Franklin, Lyta, Zack, Vir, Lennier, Londo e G'Kar, mais a Capitã Elizabeth Lochley (Tracy Scoggins), personagem que tem uma ligação com o passado de Sheridan e substitui tanto ele, como capitão da Babylon 5, quanto Ivanova, como mulher forte e poderosa que manda em todo mundo. Os personagens recorrentes que retornam são Bester, Corwin, Virini, Neroon, Ta'Lon, Lise e Tessa; os novos incluem Byron Gordon (Robin Atkins Downes), o líder dos telepatas fugitivos; a Dra. Lillian Hobbs (Jennifer Balgobin), médica de confiança de Franklin; e Cholini (Thomas McGreevy), Ministro da Defesa de Centauri. Brown retorna como Na'Toth, em uma participação especial em um episódio.
Um terceiro filme, Babylon 5: The River of Souls, também seria produzido pela TNT após o término das filmagens da quinta temporada, contando apenas com material inédito, e iria ao ar em 8 de novembro, entre os episódios 19 e 20. Esse filme teria como peça central uma esfera que contém as almas de um bilhão de membros de um povo alienígena extinto, levada para a Babylon 5 e cobiçada por um Caçador de Almas (Martin Sheen), espécie alienígena introduzida lá na primeira temporada, mas que não seria mais usada desde então. O elenco conta com Garibaldi, Franklin, Zack, Lochley, Corwin e alguns outros personagens específicos do filme, dos quais, além do Caçador de Almas, o mais importante é o Dr. Robert Bryson (Ian McShane), responsável por encontrar a esfera.
Talvez pela mudança de canal, a quinta temporada seria a que teria os piores índices de audiência, e a única a não ser indicada a nenhum Emmy. Isso não teria nenhuma influência, entretanto, no cancelamento da série: desde o início, Straczynski já considerava que cinco temporadas era um número ideal para que uma série de ficção científica conseguisse encerrar sua história sem perder o interesse do público, e, estando satisfeito com o que conseguiu conquistar até ali, decidiu levar ao ar o último episódio e encerrar a série - curiosamente, ele também deixaria algumas pontas soltas na história, talvez caso a quinta temporada fosse um sucesso estrondoso e ele decidisse fazer uma sexta.
Além do piloto e dos três filmes, Straczynski escreveria 92 dos 110 episódios da série, incluindo todos os 44 episódios da terceira e quarta temporadas, algo sem precedentes na história da televisão norte-americana. Alguns dos demais episódios seriam escritos por nomes como DC Fontana e David Gerrold, dois dos principais roteiristas de Jornada nas Estrelas; Kathryn M. Drennan e Lawrence G. DiTillio, nomes extremamente importantes para a indústria do entretenimento norte-americana; e até mesmo pelos ícones dos quadrinhos Peter David e Neil Gaiman - os Gaim, aliás, foram batizados em homenagem a Gaiman, e o capacete do traje espacial que eles usam lembra a máscara usada por Sonho em The Sandman. Harlan Ellison, um dos maiores escritores da ficção científica, escreveria dois episódios e atuaria como "consultor criativo" durante toda a série.
Desde o início, Straczynski deixaria claro que Babylon 5 seria um projeto a longo prazo, precisando de no mínimo três temporadas para que a história fosse concluída satisfatoriamente, e de talvez cinco para que ele abordasse todos os pontos que desejava. Esse planejamento, aliado ao fato de Straczynski ter escrito quase a série inteira, garantiria a Babylon 5 uma profundidade e uma coesão jamais vistas em uma série de TV: o normal até então, mesmo que houvesse um arco, ou seja, uma história comum que se expandia por um número grande de capítulos, era que todos os conflitos fossem resolvidos em um único episódio, no máximo em dois se fosse um episódio em duas partes; em Babylon 5 os conflitos se arrastavam por temporadas inteiras, com alguns deles até sendo carregados para a temporada seguinte. Achando que o público não estava pronto para que esse formato fosse introduzido assim de cara, Straczynski pegaria leve na primeira temporada, que se parece com uma temporada normal de qualquer série de ficção científica da época, mas começa a pesar mais a mão na segunda, já usando largamente o recurso na terceira - quando a terceira temporada estava no ar, Babylon 5 já era considerada a série pioneira no "formato saga", aquele que é quase onipresente hoje em dia, no qual uma série se parece com um filme extremamente longo dividido em várias partes menores. Babylon 5 abriria as portas para muitas outras produções desse tipo, com a primeira série a realmente ser considerada "contínua" ao invés de episódica sendo Oz, que estreou na HBO em julho de 1997, quando a quarta temporada de Babylon 5 estava no ar.
Outra inovação de Babylon 5 foi que todos os atores, mesmo os do elenco principal, eram contratados por episódio - o normal até então era que os atores do elenco principal recebessem por todos os episódios, incluindo aqueles nos quais não apareciam. Esse esquema gerou uma enorme economia para a Warner, mas teve o efeito colateral de que, se um ator fosse ter poucas cenas em um episódio, normalmente elas eram deixadas para o seguinte, no qual ele teria exposição maior, para não ter que pagá-lo pelo episódio inteiro por causa dessas poucas cenas. Após a saída de O'Hare, Straczynski também decidiria criar um mecanismo de "saída fácil" para cada personagem, uma história pronta para, se ocorresse de algum ator querer ou precisar deixar a série, ser inserida em algum episódio para justificar sua saída, o que garantia que a história geral não tivesse de ser alterada - e acabou sendo usada mais rápido que ele pretendia, quando Thompson decidiu não renovar para a terceira temporada.
Também vale citar como curiosidade que, devido à dificuldade de aplicar a maquiagem e as próteses dos alienígenas, que faria com que os atores tivessem de ficar várias horas na cadeira do maquiador antes de gravar, o que não era para qualquer um, uma dúzia de atores interpretaria quase uma centena de papéis diferentes ao longo da série, já que não podiam mesmo ser reconhecidos - Wayne Alexander, além de Lorien, interpretaria um Drakh, três Narns diferentes, e até mesmo um humano em um dos episódios, enquanto Kim Strauss interpretaria personagens de dez povos diferentes, o mais frequente um embaixador Drazi em quatro episódios. Esses atores acabariam conhecidos coletivamente como Babylon 5 Alien Rep Group, o "grupo de repetição alienígena da Babylon 5".
Babylon 5 também seria a primeira série da televisão americana a fazer uso extensivo de computação gráfica para as cenas que envolviam naves, portais, planetas e paisagens alienígenas, incluindo o exterior da própria Babylon 5, ao contrários dos modelos e maquetes usados até então. Como a computação gráfica na época ainda estava em seu início e ainda era muito cara, infelizmente a maioria desses efeitos, principalmente os da primeira temporada, é hoje considerado datado, com especialmente as naves sendo claramente falsas e pouco realísticas. No piloto e nas três primeiras temporadas, os efeitos especiais ficariam à cargo da Foundation Imaging, mas, com o barateamento da tecnologia, Netter decidiria que a própria equipe de produção poderia fazê-los, e fundaria uma empresa chamada Netter Digital - com o uso da qual Straczynski só concordaria quando ficasse provado que a qualidade dos efeitos seria a mesma. Mesmo com o alto custo do CGI, a produção da série ficaria mais barata - estima-se que cada episódio de Babylon 5 custou em torno de 650 mil dólares, enquanto cada episódio de Deep Space Nine, exibida na mesma época, custava 1,5 milhão.
Durante a pré-produção, seria cogitado que os povos alienígenas também fossem criados por CGI, para evitar um dos maiores problemas das produções de ficção científica, que é o de que todos os alienígenas se parecem com humanos maquiados, mas, após ver o resultado das naves, Straczynski acharia que os alienígenas de CGI não conseguiriam transmitir "emoção real", e preferiria usar apenas próteses e maquiagens - embora o piloto e alguns episódios da primeira temporada contem com figurantes alienígenas feitos por CGI, marionetes, e até mesmo animatronics. A maquiagem, durante toda a série, ficaria a cargo da Optic Nerve, e evoluiria conforme a tecnologia avançasse - G'Kar, por exemplo, parece bem mais borrachudo no piloto que nas duas últimas temporadas.
Além disso tudo, Babylon 5 seria a primeira série da história a ser filmada no formato widescreen 16:9 (embora ainda tenha sido transmitida em fullscreen 4:3, já que não existiam televisões widescreen na época), a primeira a ter seu som gravado em 5:1, e a primeira série norte-americana a alcançar o primeiro lugar em audiência no Reino Unido. Outra característica pela qual a série ficaria conhecida é que cada temporada teria uma abertura diferente - e uma música tema diferente também. Em comum, todas começavam com uma narração - feita por O'Hare na primeira temporada, Boxleitner na segunda, Christian na terceira, por todo o elenco, cada um falando uma frase, na quarta, e composta por um apanhado de falas de todas as temporadas anteriores na quinta - após a qual era dito em que ano aquela temporada era ambientada, e então vinham os nomes dos atores com seus respectivos personagens.
Após o encerramento da série original, Straczynski começaria a pensar em spin-offs. O único que foi efetivamente produzido foi Crusade, ambientado cinco anos após o penúltimo episódio de Babylon 5 (já que o último é ambientado vinte anos depois), em 2267. Em Crusade, um vírus mortal é liberado na Terra pelos Drakh, aliados das Sombras, e a nave espacial Excalibur parte em busca de uma cura antes que toda a população seja dizimada. O único personagem de Babylon 5 seria Lochley; outros personagens de destaque seriam o capitão da Excalibur, Matthew Gideon (Gary Cole); o telepata John Matheson (Daniel Dae Kim); o tecnomago Galen (Peter Woodward - os tecnomagos foram peça central de um episódio da segunda temporada de Babylon 5, mas depois nunca mais apareceram); o arqueólogo Max Eirleson (David Allen Brooks); a médica da nave, Dra. Sarah Chambers (Marjean Holden), e a ladra alienígena Dureena Nafeel (Carrie Dobro), última sobrevivente de um povo dizimado pelos Drakh. Escrita por Straczynski, Peter David e Fiona Avery, a série estrearia em 9 de junho de 1999 na TNT e não faria muito sucesso, sendo cancelada após apenas 13 episódios, o último indo ao ar em 1º de setembro.
Para servir de piloto de Crusade, Straczynski escreveria mais um filme, o quarto no total, Babylon 5: A Call to Arms, que seria exibido pela TNT em 3 de janeiro de 1999. Contando no elenco com Sheridan, Garibaldi, Lochley, Dureena e Galen, o filme aborda o ataque dos Drakh e a escolha da tripulação da Excalibur, que parte em sua missão. Straczynski ainda faria um quinto e último filme, Babylon 5: The Legend of the Rangers, que estrearia no Sci-Fi Channel em 19 de janeiro de 2002, e seria o piloto de um segundo spin off, que jamais seria produzido, cujos principais personagens seriam Rangers. O protagonista da filme também é um Ranger, David Martel (Dylan Neal), que recebe a missão de escoltar uma nave que leva vários diplomatas alienígenas, incluindo G'Kar, mas é atacada por uma força desconhecida durante o trajeto.
Em 2006, Straczynski anunciaria um novo projeto, uma série de antologia - modelo no qual cada episóidio tem uma história e um elenco diferentes - ambientada no universo de Babylon 5, chamada Babylon 5: The Lost Tales. Apenas dois episódios seriam gravados antes de o projeto ser cancelado: no primeiro, Lochley chama um padre para lidar com uma criatura aparentemente sobrenatural que ameaça a Babylon 5; no segundo, Galen recebe uma visão de que um príncipe Centauri, ao se tornar Imperador, vai destruir a Terra, e Sheridan se vê no dilema de se deve matar o príncipe para que isso não aconteça. Ambos os episódios acabariam sendo lançados diretamente em DVD em julho de 2007, com o subtítulo de Voices in the Dark.
Para terminar, uma polêmica: um mês antes do piloto de Babylon 5, em 3 de janeiro, estrearia Deep Space Nine, com 20 episódios, já em regime de syndication. Como era a primeira série de Jornada nas Estrelas a ser ambientada em uma estação espacial ao invés de em uma nave exploratória, evidentemente surgiriam comparações entre Deep Space Nine e o piloto de Babylon 5, principalmente porque essa não era a única coincidência - ambas as estações ficam próximas a um portal de grande importância, ambas as histórias têm um povo colonizado recém-independente que tem de conviver com seu colonizador, e ambos os capitães possuem um destino profético, só pra citar os mais escancarados. Acusações de plágio surgiriam de ambos os lados, com executivos da Warner até declarando que 3 de janeiro era uma data "muito estranha" para a estreia de uma série - já que as principais estreias de séries nos Estados Unidos ocorrem em setembro - e que isso teria sido feito de propósito para que Deep Space Nine estreasse antes de Babylon 5. Em entrevistas, Straczynski diria ter oferecido Babylon 5 à Paramount ainda em 1989, deixando com eles a bíblia e sinopses de em torno de 20 episódios; a Paramount lhe retornaria o contato dizendo que não tinha interesse na série, mas, sem seu conhecimento, começaria a produção de Deep Space Nine. Por ser uma série de Jornada nas Estrelas é óbvio que Deep Space Nine não estreou assim do nada, contando com cobertura da imprensa durante sua produção, e Straczynski ficou sabendo das similaridades entre as duas séries durante a gravação dos episódios; quando a Warner começou a gritar plágio, ele convenceria os executivos a não processar a Paramount, acreditando que isso seria publicidade negativa para as duas séries, e que nada de bom para Babylon 5 resultaria de um litígio na justiça. Ao ser questionado por um fã sobre se essa decisão não era uma espécie de confissão de que não houve plágio, Straczysnki responderia que era uma situação do tipo "vocês sabem o que fizeram", e que preferia "ser adulto e seguir em frente"; apesar dessa postura, há rumores de que houve um acordo extrajudicial entre Warner e Paramount, com uma compensação financeira e a promessa da Paramount de não que não haveria mais pontos de similaridade entre as duas séries nas temporadas seguintes.
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