Em janeiro de 1989, a Konami lançaria mais um jogo exclusivo do MSX. No Japão, ele se chamaria Gofer no Yabou: Episode II (curiosamente, sem Gradius no título), enquanto na Europa receberia o nome de Nemesis 3: Eve of Destruction. Assim como Gradius II, ele jamais seria lançado nos Estados Unidos. Curiosamente, a primeira fase desse jogo era idêntica à de Gradius II, mas todo o resto era diferente. Na história, ele era uma continuação de Gradius 2, ignorando Gradius II: 200 anos após o Dr. Venom ser derrotado, o Império Bacterion consegue acesso à tecnologia de viagem no tempo, decide voltar no tempo e matar James Burton quando ele ainda era uma criança, para impedir que ele frustre sua invasão. O único que pode detê-los é David Burton, descendente direto de James Burton, que contará com a inteligência artificial Gaudie como sua co-piloto, e deverá se apropriar da tecnologia de viagem no tempo, retornar ao passado e impedir os Bacterion.
No início do jogo, é possível escolher dentre quatro configurações da nave: a Vixen 1, que tem os mesmos power ups do Gradius original; a Vixen 2, que tem Photon Torpedos no lugar dos mísseis; a Vixen 3, que tem Napalm Missiles no lugar dos mísseis e o Fire Blaster (lança-chamas) no lugar do laser; e a Vixen 4, que conta com Two-Way no lugar dos mísseis e Ripple no lugar do laser. Independentemente de qual nave escolher, o jogador poderá escolher dentre os dois tipos de escudo (Shield ou Force Field), e dentre três tipos de Option (tradicional, que segue a nave como uma sombra; Fixed, que permanece fixo dos lados da nave; e Rolling, que fica girando em torno da nave). O Speedup e o Double são iguais em todas as naves. O Speedup e o Option podem ser acionados quatro vezes, o escudo pode ser acionado novamente após se extinguir, e as demais armas podem ser acionadas duas vezes cada.
Encontrando "itens secretos" durante as fases, também é possível ter acesso a "upgrades", que duram até a nave ser destruída: um que aumenta o poder e a largura do laser, Ripple ou lança-chamas; o laser superior; o inferior; o Down Double, que adiciona um tiro em ângulo de 45 graus para baixo ao Double; um que faz com que os mísseis corram pelo chão até atingir um inimigo; um que faz com que os mísseis penetrem no chão até atingir um inimigo; um que faz com que os mísseis sejam teleguiados; e um que dá a nave um radar que revela onde estão os itens secretos. Existem também partes de um mapa que precisam ser encontrados nas fases 5, 7 e 8, ou o jogo voltará para a o início da fase na qual você não encontrou a parte correspondente ao final da fase 8 até você encontrar as três; um que precisa ser encontrado na fase 10 para que o jogador possa destruir um muro e prosseguir, ou a nave será destruída ao se chocar contra o muro e o jogo voltará para o início da fase; e um que, se encontrado na fase 10, faz com que o jogador veja um final alternativo ao terminar o jogo.
Ao todo, o jogo possui 11 fases: o celeiro de estrelas, o planeta-floresta, a zona anti-gravidade (que conta com portais que fazem com que o jogador volte para pontos anteriores da fase se tocar neles, e buracos negros que atraem ou repelem a nave e a destroem se ela os tocar), o túnel do tempo (na verdade uma série de lutas contra chefes de Gradius, Gradius 2 e Salamander), o mundo dos moais, a caverna, o planeta deserto, o planeta vivo, o planeta-fábrica, a fortaleza dos Bacterion e a nave-mãe de Gofer, Imperador dos Bacterion e último chefe.
1989 também seria o ano do lançamento, em dezembro, de Gradius III, mais um título da série para arcades. Na história, essa sequência era, na verdade, um remake do primeiro jogo: o Império Bacterion avança pela galáxia, e já conquistou sete planetas do sistema no qual está localizado o planeta Gradius, único que ainda resiste. Com um ataque em massa contra os Bacterion tendo falhado, as esperanças de Gradius são depositadas em seus dois mais bravos pilotos, que, no comando das naves Vic Viper e Lord British, devem se infiltrar nas fileiras inimigas e destruir seus comandantes. Gradius III entraria para a história por ser insanamente difícil, com uma tonelada de projéteis na tela ao mesmo tempo e sem contar com continues - ou seja, após perder todas as vidas, o jogador deveria recomeçar do início.
Seguindo a tendência dos mais recentes jogos da série, em Gradius III era possível selecionar entre quatro configurações da barra de power up ao começar o jogo - barra de power up, que, aliás, tinha, agora, sete opções, acrescentando um ! após o ?. Em todas as naves a primeira opção era o Speedup e a quinta era o Option, era possível escolher entre Shield e Force Field para os escudos, e, selecionando !, a nave perdia automaticamente todos os power ups, voltando para a velocidade mais lenta e o tiro mais fraco (embora eu não consiga perceber qual o própósito disso); as outras três opções, porém, eram diferentes dependendo da configuração escolhida: na Set 1, eram Missile, Double e Laser; na Set 2, Two-Way, Tail Gun e Ripple; na Set 3, Spread Bomb, Vertical (que disparava reto para cima, ao invés de em ângulo de 45 graus) e Cyclone Laser (em espiral e um pouco mais largo que o laser comum); e, na Set 4, Photon Torpedo, Back Double (que disparava o segundo tiro para trás ao invés de para a frente) e Twin Laser (dois tiros paralelos, mas mais fracos que os do laser comum).
Mas a maior inovação de Gradius III era o Edit Mode, com o qual, ao invés de escolher uma configuração fixa, o jogador podia escolher especificamente qual Missile, Double, Laser, Option, escudo e bônus (o !) queria. As opções do Edit Mode, porém, eram específicas, com nem todas as opções das configurações fixas estando presentes, mas algumas novas só podendo ser selecionadas nele. Estavam disponíveis quatro tipos de Missile (normal; Control, que seguia o movimento da nave até encontrar um alvo; Upper Missile, que era disparado para cima ao invés de para baixo; e Spread Bomb), quatro de Double (Vertical; Spread Gun, que disparava um tiro para cima e um para baixo, em ângulo de 45 graus, ao mesmo tempo; Tail Gun; e Freeway, que dispara o segundo tiro na direção em que a nave está se movendo), quatro de Laser (Twin Laser; Ripple; Energy Laser, que podia ser "carregado" ao se manter o botão pressionado, aumentando seu poder; e Cyclone Laser), duas de Option (normal e Snake Option, na qual as Options adotam uma formação que serpenteia abaixo da nave), quatro de escudo (Force Field; Shield; Free Shield, que permitia ao jogador escolher qual parte da nave o escudo iria proteger; e Reduce, que encolhe a nave, tornando mais fácil desviar de ataques inimigos, até que ela seja atingida uma vez, quando retorna ao tamanho normal), e três de bônus (normal; Speed Down, que reduzia a velocidade da nave em um nível, mas mantinha os demais power ups; e Life Option, que faz com que seu número de vidas extras fique igual ao número de Options que você tem no momento em que essa opção é selecionada). Independentemente de você estar usando uma configuração fixa ou o Edit Mode, o Speedup e o Option podem ser acionados até quatro vezes cada, um novo escudo pode ser acionado toda vez que o antigo some, e o ! pode ser acionado quantas vezes você quiser (embora o Speed Down só possa ser acionado em sequência até sua velocidade retornar à do início do jogo); as demais opções só podem ser acionadas uma vez cada.
Gradius III possui um total de dez fases: o planeta deserto, o campo de bolhas, o vulcão, as cavernas, o mundo dos moais, o interior de uma célula alienígena gigante, o planeta de fogo, o planeta-floresta, o mundo de cristal e a base dos Bacterion. As fases 4 (cavernas) e 9 (mundo de cristal) são espécies de fases-bônus: na 4, você controla a nave vista de trás (como em Starfox), e, em alta velocidade, deve passar pelos túneis sem encostar nas paredes; enquanto na 9, "vista de lado" como as demais, o objetivo é navegar por um labirinto, mais uma vez sem tocar as paredes. A fase 10 também é curiosa, já que começa com uma sequência de lutas contra chefes de Gradius, Gradius II e Salamander, e, na luta contra o último chefe, se sua nave for atingida, não morrerá, e sim será teletransportada para uma fase extra escolhida aleatoriamente entre duas opções (a primeira idêntica à primeira fase de Gradius, a segunda idêntica à primeira fase de Salamander), retornando à luta contra o chefe ao concluí-la.
A versão arcade de Gradius III seria lançada exclusivamente no Japão, com o título completo de Gradius III: Densetsu Kara Shinwa E ("da lenda ao mito"); ela ganharia uma única versão caseira, para o Super Nintendo, essa sim lançada no mundo todo. A versão Super Nintendo, porém, era bastante diferente da versão arcade, e não somente nos gráficos, mais simples - já que a versão arcade usava a placa Konami GX945, com dois processadores de 16 bits, que permitiam gráficos melhores - mas também nas fases, com as fases da caverna, dos cristais e as duas extras da batalha contra o último chefe sendo removidas, a fase da célula passando a ser a última, a fase da base Bacterion sendo dividida em duas (com a parte da luta contra os chefes sendo a nova fase 8 e a segunda parte sendo a nova fase 9) e uma nova fase sendo incluída entre a do planeta-floresta (que passaria a ser a 6) e a da luta contra os antigos chefes, na qual, como no final de Salamander, o objetivo era navegar por túneis, sem tocá-los, conforme a velocidade aumentava progressivamente. Vários elementos das fases, como inimigos e partes do cenário, e pedaços inteiros das fases da célula e do vulcão seriam removidos, incluindo o chefe original da fase da célula, substituído pelo último chefe - com novos chefes sendo criados para a base Bacterion e para a nova fase 7.
O Edit Mode da versão Super Nintendo também é completamente diferente, trazendo quatro opções, algumas delas inéditas, para todos os power ups: Missile (normal; Eagle Wind, que atira o míssil para cima se a nave estiver perto do topo da tela e para baixo se estiver perto do solo; Two-Way Back, que dispara dois mísseis, um para cima e um para baixo, mas para trás; e Small Spread, que causa uma explosão menor que a da Spread Bomb), Double (normal, Vertical, Tail Gun e Back Double), Laser (Twin Laser, Ripple, Energy Laser e Cyclone Laser), Option (normal; Snake Option; Formation Option, que faz uma formação em forma de V à frente da nave; e Rotation Option, que fica girando em torno da nave), escudos (Shield; Force Field; Reduce; e Rotation Shield, idêntico ao Shield, mas que fica girando em torno da nave ao invés de parado na frente) e bônus (Speed Down; Life Option; Full Shield, que restaura os escudos à sua capacidade máxima; e Mega Crush, que destrói todos os inimigos da tela).
Em agosto de 1991, a série ganharia um novo jogo para o Game Boy, lançado com o nome de Nemesis II no Japão, Nemesis II: The Return of the Hero na Europa, e Gradius: The Interstellar Assault nos Estados Unidos. Essa não era uma adaptação, e sim um jogo totalmente novo, no qual a Vic Viper é capturada pelo Império Bacterion, e deve fugir para poder prosseguir em sua missão. Tanto o Nemesis quanto o Nemesis II do Game Boy possuíam suporte tanto ao Super Game Boy quanto ao Game Boy Color, embora a versão colorizada do segundo jogo fosse um pouco melhor que a do primeiro.
Nemesis II tem um total de cinco fases: na primeira, a Vic Viper está sendo perseguida por uma enorme nave Bacterion em um cinturão de asteroides, e deve se esconder em uma série de cavernas; não adianta nada, porém, e, na segunda, ela deve escapar do interior da nave que a estava perseguindo; na terceira, ela volta pelo cinturão de asteroides, mas dessa vez sem seu perseguidor; a quarta é ambientada na superfície de um planeta; e a quinta, no interior da base Bacterion. No início do jogo é possível escolher, como se só existisse o Edit Mode, dentre três opções para Missile (normal; Two-Way; e Tail, que dispara o míssil para trás), Double (normal; Twin, que dispara dois tiros paralelos para a frente; e Tail Gun) e Laser (normal, Twin Laser e Ripple), o escudo é sempre o Force Field, e só é possível ter até dois Options de cada vez.
Em janeiro de 1996 seria lançado, para arcades, Salamander 2, continuação direta do jogo anterior, lançado dez anos antes. Mais uma vez, os vilões eram o Império Zelos, dessa vez liderado por Doom, que busca vingança pela derrota anterior. A nave do primeiro jogador novamente é a Vic Viper, mas a do segundo, em uma alusão ao jogo de 1981, se chama Super Cobra. Salamander 2 também conta com as mesmas características de seu antecessor: não há barra de power ups, o jogador retorna do exato ponto onde morreu, dois jogadores podem jogar simultaneamente, duas das seis fases são vistas de cima, e, após derrotar o último chefe, é preciso fugir de sua fortaleza antes que ela exploda. Os power ups são os mesmos de Salamander, com a adição do Twin Laser, e, agora, pegar o power up de uma arma que já está equipada duplica sua força durante um curto período de tempo. Outra adição curiosa foram os mini-Options, que têm a metade do tamanho de um Option normal, e sempre atiram com o tiro básico; dois mini-Options podem se combinar e se transformar em um Option comum, e é possível "sacrificar" um Option para que ele dispare um tiro devastador, transformando-o em um mini-Option no processo. As seis fases são ambientadas no interior de uma criatura alienígena, no celeiro de estrelas, novamente no interior do alienígena, em meio às forças invasoras de Zelos, nas ruínas da antiga base de Zelos, em um cinturão de asteroides e na fortaleza de Doom. Também vale citar que Salamander 2 seria o primeiro jogo ambientado no universo de Gradius a misturar gráficos tradicionais (sprites) a gráficos criados por computação (CG).
No ano seguinte, em julho de 1997, seria lançado outro spin-off, chamado Solar Assault, apenas para arcades. Solar Assault começaria como o projeto de um Gradius totalmente feito em CG, com gráficos poligonais, em um ambiente tridimensional - ou seja, um Gradius 3D - mas, em determinado momento, a Konami achou que seria melhor se sua história fosse apenas ambientada no mesmo universo, sem relação direta com os eventos da série. Nele, uma estranha fortaleza espacial surge do nada, e ruma para o planeta Gradius. Todos os planetas em seu caminho somem, com os cientistas de Gradius teorizando que eles são enviados para outra dimensão. Cabe aos bravos pilotos de Gradius deter a fortaleza antes que seu planeta tenha o mesmo fim. Todas as fases em Solar Assault são vistas por detrás da nave, como em Starfox; ao todo, são apenas quatro fases: cinturão de asteroides, planeta em ruínas, planeta-floresta e fortaleza alienígena.
No início do jogo, o jogador pode escolher dentre três naves, cada uma com suas próprias armas: a Vic Viper (Photon Torpedo, Double e Laser), a Lord British (Two-Way Missile, Freeway, e Ripple) e a novata Alpine (Psycom Missile, que são mísseis teleguiados; Mind Blast, que dispara dois tiros extras em ângulos de 45 graus para a direita e para a esquerda; e Twin Laser). Todas as naves possuem o Option, que pode ser acionado até quatro vezes, e todas podem escolher, como escudo, entre o Shield e o Force Field. O Speedup não está presente, sendo possível controlar a velocidade da nave livremente, e cada nave possui uma barra de energia, não sendo destruída com um único tiro se estiver sem escudo. Cada nave possui ainda um ataque limitado chamado Mega Laser, um laser destruidor que acaba com boa parte dos inimigos da tela, e tem formato diferente para cada uma delas. O jogo também dá ao jogador a opção de ele mesmo escolher quando vai acionar os power ups (Manual) ou deixar o computador acioná-los na hora em que achar melhor (Auto).
Solar Assault seria lançado em duas versões, uma com gabinete normal e outra na qual o gabinete imitava o cockpit de uma nave espacial, reagindo ao que acontecia na tela com chacoalhadas e solavancos (mais ou menos como o gabinete de Daytona USA). Em dezembro de 1997, o jogo ganharia uma versão revisada, chamada simplesmente de Solar Assault Revised, que corrigia alguns bugs e ajustava a dificuldade, além de modificar completamente a fase do planeta-floresta, de adicionar uma fase em um planeta de lava (entre o cinturão de asteroides e o planeta em ruínas) e de adicionar uma nova e curta última fase, com um novo último chefe também chamado Solar Assault (aumentando o total de fases para seis); essas mudanças seriam possíveis porque a versão revisada usava uma placa produzida em conjunto pela Konami e pela IBM, com maior poder e velocidade de processamento.
Ainda em 1997, em agosto, seria lançado Gradius Gaiden, exclusivamente no Japão, e apenas para o Playstation - sendo o primeiro jogo da série produzido exclusivamente para um console. Produzido inteiramente em CG, Gradius Gaiden é mais um spin-off (gaiden significando, em japonês, algo como "história paralela"), no qual uma nave-laboratório do planeta Gradius desaparece dentro de uma nebulosa duzentos anos após os eventos de Gradius III, e quatro naves são enviadas para investigar. Gradius Gaiden possui um total de nove fases: o planeta de neve, o cemitério de espaçonaves (no qual vários chefes dos jogos anteriores podem ser encontrados aos pedaços em meio ao cenário), a caverna de cristal (na qual os tiros da sua nave podem ser refletidos pelo cenário), o mundo dos moais, a fortaleza orgânica, o inferno verde, o horizonte de eventos (idêntico à primeira fase do Gradius original, mas com um buraco negro sugando o cenário, o que faz com que você tenha de desviar dos pedaços enquanto enfrenta os inimigos e tenta impedir que sua nave seja atraída), a nebulosa sombria (na qual você precisa enfrentar novamente chefes de diversos jogos anteriores da série) e o núcleo da nebulosa, onde se encontra o último chefe.
No início do jogo, assim como a cada continue, você pode escolher dentre quatro naves, cada uma com diferentes opções de power ups: a Vic Viper conta com os tradicionais Missile, Double e Laser; a Lord British conta com o Two-Way Missile, o Ripple Laser e o Disruptor (que lança uma onda de choque enorme pela tela); a nova Jade Knight tem a Spread Bomb, o Round Laser (um laser circular que envolve a nave) e o Pulse Laser (idêntico ao Twin Laser, apenas com outro nome); e a Falchion Beta (uma nova versão da nave de Falsion) conta com o Rolling Missile (que explode na horizontal ao invés de na vertical, aumentando o número de alvos atingidos), o Auto Aiming (um laser que sempre atinge o inimigo mais próximo, mesmo que ele não esteja diretamente à sua frente) e a Gravity Bullet (um tiro para a frente que causa o mesmo efeito da Spread Bomb). O Speedup e o Option, que podem ser acionados até quatro vezes cada, são idênticos para todas as quatro, e, independentemente de qual nave você escolha, terá quatro opções de escudos: Shield; Force Field; Guard Shield, que protege a parte de baixo e a de cima da nave, mas não a da frente ou a de trás; e Limit Shield, que torna a nave totalmente invulnerável durante alguns segundos, mas só pode ser acionado novamente depois de um certo tempo. Diferentemente de Gradius III, Gradius Gaiden não tem o power up bônus (o !), mas, pela primeira e única vez na série, você pode escolher em qual ordem os power ups vão ficar na barra - ou seja, você pode colocar os escudos primeiro e o Speedup por último, tornando mais fácil acionar os escudos do que aumentar a velocidade da nave. A opção de escolha entre Manual e Auto também está presente.
Em fevereiro de 1999, dez anos depois de Gradius III, a Konami lançaria, finalmente, Gradius IV. Anos após sua derrota, Gofer retorna, querendo vingança. Não é a história mais original do mundo, mas, no quesito originalidade, o jogo não fica exatamente no topo da lista, com todas as fases sendo praticamente remakes de outras encontradas nos jogos anteriores, o Edit Mode tendo sido removido, e várias das novas armas introduzidas anteriormente não estando presentes, inclusive com a barra de power ups voltando a ter seis opções (com a saída do !). Ao todo, o jogo conta com nove fases: o campo de esferas de metal líquido, o planeta-floresta, o campo de bolhas cristalinas, o vulcão, o mundo dos moais, o interior de uma célula alienígena e a fortaleza de Gofer, dividida em três fases distintas, com a primeira sendo uma daquelas em que é preciso navegar por corredores estreitos em alta velocidade, a segunda a sucessão de lutas contra chefes dos jogos anteriores, e a terceira sendo bem curta e terminando com o confronto final contra Gofer.
Seis configurações de nave estão disponíveis para o jogador, sem qualquer nome ou numeração. Todas possuem Speedup e Options normais, e em todas elas é possível escolher dentre Shield ou Force Field. A primeira conta com Missile, Double e Laser; a segunda com Spread Bomb, Tail Gun e Laser; a terceira com Photon Torpedo, Double e Ripple; a quarta com Two-Way Missile, Tail Gun e Ripple; a quinta com Vertical Mine (um míssil disparado reto para cima, que explode alguns momentos após seu lançamento), Double e Armor Piercing (um laser mais poderoso, mas de alcance mais curto); e a sexta com Flying Torpedo (dois mísseis disparados diretamente para a frente), Tail Gun e Twin Laser. Gradius IV seria lançado para arcades exclusivamente no Japão, com o nome completo de Gradius IV: Fukkatsu ("renascimento").
Em novembro de 2001, seria lançado o primeiro jogo da série para o Game Boy Advance, e o primeiro a não ser produzido pela Konami, ficando a cargo da Mobile21. Esse jogo seria lançado primeiro na Europa, com o nome de Gradius Advance, então nos Estados Unidos, com o nome de Gradius Galaxies, e, em janeiro de 2002, no Japão, com o nome de Gradius Generation. Trata-se de mais um spin-off, ambientado entre Gradius III e Gradius IV; nele, o Império Bacterion estava desenvolvendo uma arma para destruir o planeta Gradius, mas, após sua derrota ao final de Gradius III, a nave-laboratório que a desenvolvia ficou à deriva, e caiu em um planeta desabitado, transformando-o em uma espécie de fortaleza tecnorgânica, modificando tudo o que havia em sua superfície. Preocupados com os efeitos dessa transformação a longo prazo, os cientistas de Gradius decidem enviar a Vic Viper para investigar.
O jogo possui um total de oito fases: o cinturão de asteroides, o planeta de vidro, a galáxia artificial, o vulcão, o mundo dos moais, o planeta orgânico, o cometa e o planeta-fortaleza. Existem quatro configurações de nave, todas contando com Speedup e Option, e todas permitindo escolher entre Shield ou Force Field: Balanced (Missile, Double e Laser), Wide Area (Two-Way Missile, Tail Gun e Ripple), Power (Photon Torpedo, Tail Gun e Fire Blaster) ou Air-to-Ground (Spread Bomb, Double e Twin Laser). O escudo pode ser acionado novamente logo depois de se esgotar, o Speedup até quatro vezes, o Option até três vezes, e as demais armas até duas vezes cada, aumentando seu poder. Também é possível escolher dentre os modos Manual e Auto.
Em julho de 2004, seria lançado, para Playstation 2, Gradius V, primeiro da série numerada a não ganhar uma versão para arcades, e primeiro produzido interiamente em CG. Gradius V seria desenvolvido pela Treasure, uma softhouse fundada em 1992 por ex-funcionários da Konami, e, em sua história, o Império Bacterion surge do nada na órbita de Gradius, e a Vic Viper é enviada para averiguar. Enquanto enfrenta as forças inimigas, algo estranho acontece: um encontro com outra Vic Viper, vinda do futuro. Somente a cooperação entre ambas poderá derrotar Bacterion dessa vez.
Gradius V permite, pela primeira vez fora da sub-série Salamander, dois jogadores simultâneos na tela, sendo que o segundo joga com a Alpinia. Também pela primeira vez, no modo de um jogador é possível escolher se você quer que a nave retorne exatamente do ponto onde morreu (como em Salamander) ou de um checkpoint (o tradicional na série Gradius). Essa escolha afeta não somente a dificuldade geral do jogo (afinal, é mais fácil retornando de onde morreu), mas também o comportamento das Options (aqui, mais uma vez, chamadas Multiples): se a opção de retornar de onde morreu estiver ativa, quando a nave for destruída, as Multiples não o serão, ficando vagando pela tela durante um curto período de tempo e podendo ser recolhidas pela nova nave que surgiu. No modo de dois jogadores, onde sempre se volta de onde morreu, é possível, inclusive, um jogador recolher as Multiples que o outro deixou onde morreu. Falando nisso, enquanto no modo para um jogador o máximo de Multiples simultâneas é quatro, no modo para dois jogadores cada um só pode ter até duas Multiples de cada vez. Também relacionado ao assunto, agora o jogo traz quatro configurações de Multiples, acionadas pelo botão de "Multiple Control"; mantendo esse botão pressionado, as Multiples assumem essa formação, voltando ao seu comportamento normal de seguir a nave como uma sombra quando o botão não estiver pressionado.
No início do jogo, estão disponíveis quatro configurações de nave; todas elas possuem Speed Up, Laser e Force Field, e cada uma tem uma das novas configurações de Multiples: Type 1 (Missile, Double e Freeze, que congela as Multiples no local onde elas estão), Type 2 (Two-Way, Tail Gun e Direction, que congela a nave no lugar, permitindo que você controle, com o direcional, em qual direção as Multiples vão atirar), Type 3 (Eagle Wind, Tail Gun e Spacing, que espalha as Multiples em uma formação vertical acima e abaixo da nave) e Type 4 (Two-Way Back, Double e Rotate, que faz as Multiples girarem em torno da nave). Ao terminar o jogo pela primeira vez, você libera o Edit Mode, que permite que seja escolhido livremente uma opção de Missile, uma de Double, uma de Laser, uma de Multiple e uma de escudo, adicionando diversas novas opções às existentes nas configurações fixas (Spread Bomb, Photon Torpedo e Flying Torpedo para Missile; Free Way, Spread Gun e Vertical para Double; Ripple, Energy Laser e Fire Blaster para Laser; Mega Crush e Shield para os escudos).
Gradius V tem um total de nove fases: a órbita do planeta Gradius, a perseguição a uma nave-mãe inimiga (durante a qual já acontece uma série de lutas contra chefes dos jogos anteriores), uma cidade subterrânea, o interior de uma célula alienígena, o cinturão de asteroides, uma base onde são construídas as naves dos Bacterion (onde ocorrem mais lutas contra chefes), a fortaleza Bacterion e, novamente, a perseguição à nave-mãe inimiga. Essa é, aliás, uma das grandes sacadas do jogo: no início da fase 2, você encontra um vórtice temporal, de onde saem a Vic Viper do futuro e a nave-mãe inimiga; a Vic Viper do futuro, então, instrui você a pegar o caminho da baixo, e presta auxílio na luta contra a nave-mãe, que serve como chefe. Ao chegar ao final da fase 7, você se depara com essa mesma nave, mas descobre ser impossível derrotá-la, pois é preciso atacar dois núcleos simultaneamente; sua única opção, então, é usar a tecnologia de viagem no tempo, recém-descoberta pelos Bacterion (e usada por eles para fazer o ataque-surpresa que dá início ao jogo), para retornar ao início da fase 2 e pedir ajuda a você mesmo. A fase 8, portanto, é o caminho de cima da fase 2, tomado da primeira vez pela Vic Viper do futuro (a qual, agora, você controla), e a luta contra o chefe da fase 2 era, na verdade, a luta contra o último chefe do jogo.
O mais recente jogo da série foi lançado em 2008, para o Wii, e desenvolvido pela softhouse M2. Gradius ReBirth é um Wiiware (jogo que só pode ser baixado pela loja própria do console, não podendo ser comprado em mídia física) ao estilo de Megaman 9 e Megaman 10, com gráficos que lembram a versão arcade de Gradius II. Na essência, porém, ele é uma homenagem aos jogos do MSX, trazendo vários elementos que só podiam ser encontrados, até então, nos jogos da série lançados para esse computador. Na história, por exemplo, o planeta Antichthon, colônia do planeta Gradius, fica totalmente silencioso repentinamente, e um relatório do cientista-chefe de Gradius, o Dr. Venom, afirma que a razão para isso foi que o computador central do planeta foi infectado por um vírus Bacterion. Cabe ao piloto James Burton, herói da guerra contra o Império Bacterion, guiar sua nave Vic Viper, com a ajuda da inteligência artificial Gaudie, até Antichthon, para descobrir o que está acontecendo.
Três configurações de nave estão presentes no início do jogo (todas com SpeedUp e Multiple): Multipurpose (Missile, Double, Laser, Shield), Wide-Area Attack (Two-Way, Tail Gun, Ripple, Force Field) e Attack-Oriented (Spread Bomb, Vertical, Twin Laser, Shield). Também estão presentes dois modos de jogo, o normal e o Score Attack, no qual você não tem continues e deve fazer a maior pontuação possível. Ao todo, o jogo tem cinco fases: vulcão, interior de criatura alienígena, mundo dos moais, cemitério espacial e o planeta Antichthon.
Depois de Gradius ReBirth, por motivos desconhecidos (talvez baixa popularidade dos jogos de shoot 'em up), a Konami abandonou a série. Um Gradius VI chegou a ser anunciado para Playstation 3 em 2005, mas, sem maiores explicações, foi abandonado. Pelo visto, os Bacterion não voltaram mais, e a Vic Viper já voou em sua última missão.
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